In zijn praatje bij de DB-dag over de raadselplevier meldde Peter dat zijn oorspronkelijke Steppeplevier-sequentie eerder een vorkstaartplevier leek.

(Ik was ook enigszins verrast dat de oorsprong van het sample Nieuw-Zeeland was).

Wellicht is Oriental P(lover) met Oriental P(ratincole) verward?

Geen idee Jan Hein. Maar het is geen maldivarum. Daarvoor zijn er te veel verschillen.

Voor de liefhebbers (en kenners) die het zelf willen uitzoeken: Genbank sequenties KM001331.1 of KM001332.1 opzoeken in genbank en dan naar de optie "run blast" (rechts-boven in het scherm klikken) en vervolgens op BLAST (blauwe knop links onder in je scherm) klikken en even wachten. De eerste hit is 100% met KM001331.1, vervolgens een 91.7 % hit met maldivarum. Kortom, geen idee wat het is.

Met een maximum likelihood analyse van 2000+ sequenties van Charadriiformes komen deze twee sequenties terecht als de zustergroep van drie Glareola soorten (G. pratincola, G. nordmanni en G. maldivarum).

Ik heb BLAST zoektochten gedaan met vijf kortere sequenties (bp 1-100, 101-200, 201-300, 301-400, 401-471) om te zien of er sprake is van 'contaminatie' met een andere soort (chimerisme), maar steeds was er geen hit (99-100% gelijkenis) met een andere soort.

Vreemd genoeg komt Oriental Plover in de COI gene tree in het oorspronkelijke artikel (Dos Remedios et al. 2015, Fig. 2a) wél uit op de verwachte plek (naast Caspian Plover), dus er is iets vreemds aan de hand.

Ik vermoed dat (i) de verkeerde sequenties op GenBank zijn geplaatst, en dat (ii) die sequenties een andere vorkstaartpleviersoort betreffen (e.g. Stiltia isabella) waarvan verder geen COI sequenties op GenBank staan. Ik kan dit overigens niet hard maken.

Dat vermoed ik ook George, de verkeerde sequenties staan in GenBank, maar in het artikel zijn de juiste (niet ingediende) sequenties gebruikt. Je was er niet zaterdag, maar nog vier andere Anarhynchos COI sequenties staan onder een verkeerde naam in GenBank!